Forskargrupp Samuel Flores' forskargrupp
Vad gör vi när hela världens genom väl har sekvenserats? Jo, fortfarande kvarstår frågan om hur dessa molekyler ser ut när de transkriberats till RNA och i analogi med detta - hur ser de translaterade proteinerna slutligen ut (här har Googles AlphaFold gjort stora framsteg på senare tid). Och slutligen - vad har proteinerna för funktion i cellerna?
Gruppbeskrivning
Bestämning av effekten av mutationer på protein-protein interaktion-energier
Jag har skrivit ett par artiklar angående prediktion av ändringen som en mutation kan ha på protein-protein-interaktionsenergin (ΔΔG). Jag vill vidareutveckla förmågan att öka affiniteten in silico. På senare tid har jag utvecklat en metod som tar tar följande input:
- Protein Data Bank (PDB) ID för ett protein-proteinkokex.
- Kedjorna i de två interagerande subenheterna.
- En mutation i någon av dessa två kedjor.
Min metod beräkntar inte bara ΔΔG givet den nya strukturen utan letar därefter i PDB-databasen efter ytterliggare, tillräckligt liknande strukturer som beräkningen kan upprepas på. Därefter tas medelvärdet mellan dessa beränkningar och förbättrar på så sätt precisionen och det predicerande prestationen – och tar fram de mutationen som enligt denna metod prediceras som mutationer som kan öka bindningsaffiniteten. Testa detta själv genom att använda vår server: http://biodesign.scilifelab.se/.
Nuvarande masterstudenter (Våren 2022):
Kaouther Harbi
Floyd Jaggy
Emilio Skarwan
Gruppmedlemmar
Gruppansvariga
Samuel Flores
Studierektor för forskarskolan i medicinsk bioinformatik
Medlemmar
Gabriele Pozzati
Doktorand
